ご質問の中に…『 減給の制裁 』と『 年休付与要件 』の二つが出てきましたので『 減給の制裁 』にも少しだけ触れてみます。
遅刻・早退の場合は”ノーワーク・ノーペイの原則”に従って、その時間については実際に働いていないので賃金の支払い義務はありません。
遅刻や早退した時間分の賃金だけの減額であれば減給の制裁にはあたりません。

また、制裁による減給を行う場合には”労働基準法の制限”があります。
１）1回の事案に対して減給の総額が平均賃金の1日分の半額以内であること
２）1賃金支払期間（給与計算期間）に対して減給の総額が賃金総額の１０％まで！

ただ、「減給は、労働者に経済的不利益をもたらす処分であるから、軽々に発動されてはならない」
（土田道夫「労働契約法」）という解釈があります。

次に『年休付与・出勤８割要件』についてお話しますね。

結論から言うと…
遅刻・早退は出勤率の計算上は、労働日としてカウントします。
遅刻３回を欠勤１日分として処理することは出来ません！

おっしゃる通りです。
遅刻・早退は、1労働日の所定労働時間の一部について就労しないもの！ですから
”出勤1日として8割”を確認してください。

8割の出勤率計算時には、次の期間は出勤したものとして取り扱います。

１）労働災害による休業期間
２）産前産後の休業期間
３）育児休業・介護休業の期間
４）有給休暇を取得した期間

なお、週所定労働時間が30時間未満かつ週所定労働日数が4日以下の社員については正社員と付与日数が違いますのでお気を付けください。

厚生労働省サイトをご参考になさってくださいね。